Es por esto que el FONAES, propone alianzas, con aquellas instituciones, con las cuales coincide en sus objetivos estratégicos, misión y visión, de los problemas medioambientales y su abordaje a corto y largo plazo.
Aportamos experiencia y recursos para potenciar un proceso de articulaciones territoriales que logren impulsar cambios a largo plazo, más allá de las intervenciones puntuales que pueda tener el fondo en una zona específica; y así contribuir con el desarrollo local y la creación de una sociedad civil activa y organizada. Para el FONAES la estrategia de creación de alianzas estratégicas le permite posicionarse como un referente en el tema ambiental a nivel nacional logrando beneficiar así más público.
Para el FONAES el establecimiento de alianzas, es parte de su estrategia de participación ciudadana, permitiéndole un acercamiento con estratos de la sociedad con las que el fondo no suele trabajar.