La Estrategia Nacional de Recursos Hídricos 2013 se ha estructurado alrededor de tres ejes fundamentales: agua para la vida, agua y economía, agua y territorio. Estos tres ejes estrechamente vinculados entre sí, expresan tres miradas a la problemática hídrica: desde la gente y los ecosistemas, desde la economía y sus requerimientos de agua, y desde el territorio.
Dentro de los tres ejes de trabajo se ha realizado una priorización en aquellos temas en donde el FONAES cuenta con experiencia acumulada y aquellos temas en donde la Unidades Ejecutoras poseen experticia.
