La biodiversidad es la variedad de seres vivos en el planeta, desde organismos individuales hasta complejos ecosistemas, de los cuales los seres humanos somos parte. Por ello, el nivel de relevancia que tiene implementar acciones para contribuir a conservar la biodiversidad es vital importancia, puesto que, además de tener un valor intrínseco por sí misma, proporciona una gran cantidad de servicios y bienes al ser humano que son vitales para nuestra supervivencia.
La pérdida de biodiversidad es uno de los problemas más significativos, ya que la visión actual del ser humano ha centrado sus prioridades en las ciudades y las áreas edificables. Estas pérdidas se deben principalmente a los siguientes factores: Sobreexplotación de los recursos, Pérdida de hábitats, Contaminación, Introducción de especies exóticas y los efectos del cambio climático.
Por ello, la Estrategia Nacional de biodiversidad 2013 reconoce que la degradación ambiental y los factores que la generan, junto con el cambio climático, son las principales amenazas a la biodiversidad en El Salvador, Por lo que, considera que al revertir la degradación ambiental no solo se mejoran las condiciones para conservar nuestra riqueza biológica, sino que también se reduce la enorme vulnerabilidad del país frente al cambio climático.
Actualmente, tres cuartas partes del territorio nacional son utilizadas en actividades agrícolas y ganaderas, por ello, se ha considerado que la transformación de las prácticas en el agro son determinantes para la biodiversidad, sino la riqueza biológica quedara reducida a pequeñas áreas de conservación incapaces de sostener el bienestar de la población.
En la Estrategia Nacional de Biodiversidad ha definidos en tres ejes de trabajo compuesta por nueve líneas, sobre los cuales el FONAES ha priorizado el financiamiento de proyectos.
